Francesco Magni è nato a Novafeltria il 20 novembre 1976 e ha militato nel l'Eternedile Ozzanese.

Nel 2002 è passato professionista nella Mobilvetta lasciando poca traccia a causa di vari infortuni che l'hanno penalizzato molto. Viceversa da juniores e da dilettante: in quest'ultima serie ha vinto la Coppa Varignana nel 2001, la terza tappa del Giro d'Italia Baby (a Este) e la seconda frazione del Giro della Valle d'Aosta nella stessa annata.

Facendo un passo indietro, nel 1999, si è imposto a Montegranaro e si è classificanto al terzo posto a Capodarco. Terminata la breve parentesi professionistica (una stagione) si è calato fra gli amatori nella Valmarcing ottenendo il secondo posto a San Vittore di Cesena nel Trofeo Amadori e in una competizione svoltasi all'Autodromo di Imola.

Oltre alle maglie dell'Eternedile e della Movilvetta, ha indossato quelle della Sogena (vi aveva iniziato la carriera nel '90), della Scrigno, dell'Audax Piobbico, della Valdarno e della Montegranaro.