Nato a San Matteo di Decima nel 1970, Raffaele Bonzagni è stato un ottimo allievo e un discreto dilettante.
Infatti, nella categoria giovanile ha vinto una ventina di gare, fra le quali il campionato italiano a squadre nel 1985 al velodromo Glauco Servadei di Forlì, mentre da dilettante di corse ne ha vinte una quindicina. Ha corso con le maglie della Calcara, della Badini del Tongo di Sala Bolognese e della Pucci La Rocca di Ravenna.
Il momento migliore Bonzagni l'ha vissuto proprio quand'era alla Badini del Tongo nel periodo 1986/1987 sotto la guida del diesse Pietro Arbizzani, portandosi a casa undici competizioni, la maggior parte delle quali per distacco.
