Marco Nepoti è nato a Bologna il 9 dicembre del 1977, ha iniziato a correre a undici anni nei giovanissimi della Sport Reno Parisini vincendo cinque corse.

In questa società c'è rimasto anche da esordiente vincendo sedici gare e ottenendo il titolo provinciale esordienti secondo anno. Passato fra gli allievi è andato all'Italia Nuova di Borgo Panigale aggiudicandosi una decina di corse, fra le quali il prestigioso G.P. Tricolore organizzato dalla Mauro Pizzoli.

Arrivato fra gli juniores ha vestito la maglia della Sportitalianuovareno, società nata dalla fusione fra la Sport Reno e l'Italia Nuova, ma soltanto per gli juniores. Sotto quell'insegna, Nepoti ha vinto diverse gare, ottenendo anche dodici secondi posti. Da dilettante si è accasato alla Cebora, alla Sergio Dafiume di Osteria Grande e alla Mantovani portando a casa due successi importanti, quali il Giro di Romagna e la gara di Pisignano di Cervia. Nel '99 si è aggiudicato il titolo bolognese giungendo terzo nella Coppa Varignana, ma primo fra gli atleti di casa nostra. Calatosi fra gli amatori in seno alla Renofin dell'indimenticabile presidente Luciano Bigozzi, ha primeggiato quattro volte.